总分机构企业所得税汇算需要注意的问题

在近期的答疑咨询中，有很多财税会员咨询跟总分机构企业所得税汇算相关的问题，我们梳理了几个比较典型的问题，大家可以一起了解一下并作为参考。

1、跨省总分支机构是否可以独立申报企业所得税

根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：

“第二十四条 以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。

按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。”

一般情况下分支机构应跟总机构汇总计算纳税，但分支机构如果符合上述规定，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。

2、视同独立纳税人缴税的分支机构是否可以享受小型微利企业所得税优惠政策

根据《国家税务总局关于落实小型微利企业所得税优惠政策征管问题的公告》（国家税务总局公告2023年第6号）规定，企业设立不具有法人资格分支机构的，应当汇总计算总机构及其各分支机构的从业人数、资产总额、年度应纳税所得额，依据合计数判断是否符合小型微利企业条件。

《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定，“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算并缴纳企业所得税。由于分支机构不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款，并享受相关优惠政策。

因此，视同独立纳税人缴税的分支机构不可以享受小型微利企业所得税优惠政策。建议再跟主管税务机关沟通确认一下。

3、跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失应如何申报扣除

根据《国家税务总局关于发布<企业资产损失所得税税前扣除管理办法>的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）规定：

“第十一条　在中国境内跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：

（一）总机构及其分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定，各自向当地主管税务机关申报外，各分支机构同时还应上报总机构；

（二）总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向当地主管税务机关进行申报；

（三）总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。”

4、新成立的分公司当年是否需要分摊缴纳企业所得税

根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：

“第五条  以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：　　

……

（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。”

因此，对于跨省级地区新设立的分公司，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。

5、总分机构之间税款计算与分摊规则怎么规定的

根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：

“第十三条 总机构按以下公式计算分摊税款：

总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

第十四条 分支机构按以下公式计算分摊税款：

所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例

第十五条 总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

计算公式如下：

某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30

分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。”

根据《国家税务总局关于优化企业所得税年度纳税申报表的公告》（国家税务总局公告2025年第1号）规定，《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》（A109000）、《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（A109010）的表样和填报说明进行了调整，优化总分机构分摊税款计算方法，按照调整后的规则，企业先对全年应纳税款进行分摊，再由总、分机构分别抵减其已分摊预缴税款，并计算本年应补退税金额。

需要说明的是，汇总纳税企业如果不存在分摊税款计算不准确的情形，无论按原计算方法，还是按新计算方法，结果都是一样的。但是，若汇总纳税企业预缴环节未准确计算分摊税款，新计算方法可通过全量分摊方式，对全年分摊税款重新计算，实现多退少补。

可以参考国家税务总局的发布案例来更好的理解一下规则的变化。

【案例】甲公司是2023年在北京市注册成立的企业，不属于小型微利企业。甲公司分别在山东省、天津市、河北省设立了分支机构A、B、C。2024年，甲企业全年预缴了250万元，其中，总机构预缴了125万元，A、B和C按照50%、30%、20%的分摊比例，分别预缴了62.5万元、37.5万元、25万元。甲公司2024年度汇缴应纳税额300万元，并发现分支机构A、B三因素填写错误，A的分配比例是30%，B的分配比例是50%。

1.原计算方法

第一步，整体计算企业本年应补（退）税额。

甲企业应补（退）税额：300－250＝50万元

第二步，根据分摊比例分别计算总分机构应补退税额。

总机构应补（退）税额：50×50%＝25万元

分支机构A应补（退）税额：50×50%×30%＝7.5万元

分支机构B应补（退）税额：50×50%×50%＝12.5万元

分支机构C应补（退）税额：50×50%×20%＝5万元

2.新计算方法

第一步，根据分摊比例计算总分机构全年实际应纳所得税额。

甲企业：300万元

总机构：300×50%＝150万元

分支机构A：300×50%×30%＝45万元

分支机构B：300×50%×50%＝75万元

分支机构C：300×50%×20%＝30万元

第二步，计算总分机构分摊应补（退）所得税额。

总机构应补（退）税额：150－125＝25万元

分支机构A应补（退）税额：45－62.5＝－17.5万元

分支机构B应补（退）税额：75－37.5＝37.5万元

分支机构C应补（退）税额：30－25＝5万元

需要注意的是，上述的规则是针对总机构跨省级地区设立分支机构的分摊计算规则，如果是在省内设立的总分机构，需要按本省的规定来执行。如《国家税务总局江苏省税务局关于省内汇总纳税企业所得税管理有关问题的公告》（国家税务总局江苏省税务局公告2018年第6号）规定，仅在江苏省内设立不具有法人资格分支机构的居民企业，即非跨省汇总纳税企业，由总机构统一向总机构所在地主管税务机关办理企业所得税纳税申报、财务报表报送、资产损失扣除申报、税收优惠事项办理等企业所得税涉税事项；其所属省内二级及以下分支机构无需向其主管税务机关办理上述涉税事项。