实行免抵退税办法的“免”税是指生产企业出口的自产（含视同自产）货物和应税劳务，免征本企业生产销售环节增值税；“抵”税是指生产企业出口自产货物所耗用的原材料、零部件、燃料、动力等所含应予退还的进项税额，抵顶内销货物的应纳税额（不包括适用增值税即征即退、先征后退政策的应纳增值税额）；“退”税是指生产企业出口自产货物在当月内应抵顶的进项税额大于内销应纳税额时，对未抵顶完的部分予以退税。
抵就是因为出口要退税，而内销环节的应纳税额要向税务机关缴纳，为了简化手续，就将退税额与内销环节的应纳税额进行一个互抵的过程，就是内销环节的应纳税额相当于有一部分不用向税务机关缴纳了，而退税额中这部分税务机关不用向纳税人退了。
在企业计算出当期应纳税额大于0时，就不涉及出口退税，证明出口货物的应退税额全部被抵顶了，内销的应纳税额还有余额，那么对于剩余的这部分没被抵顶的内销应纳税额还是要交税的。
在企业计算出当期应纳税额小于0时，才会涉及出口退税。在这个时候，内销的应纳税已经全部被出口应退税额冲抵掉了，而出口应退税还存在没有被抵完的金额。当期应纳税额出现负数时，需要进一步追究造成负数的原因。需要计算“免抵退”税总限额，并将负数的绝对值与限额进行比较，哪个小，就用哪个数作为退税数。因为要确定计算的负数应纳税额到底是因为出口货物的进项税额（理论应退税额）引起的，还是因为内销业务进项税额引起的，所以在此要比较。
①当期期末留抵税额≤当期免抵退税额时
当期应退税额=当期期末留抵税额
当期免抵税额=当期免抵退税额-当期应退税额
这证明应纳税额的负数（当期期末留抵税额）是因为出口货物的进项（理论应退税额）引起的，也就是这部分是出口货物的进项（理论应退税额）没有被抵完的，直接退这个数额就可以了。
②当期期末留抵税额＞当期免抵退税额时
当期应退税额=当期免抵退税额
当期免抵税额=0
真正期末留抵税额=当期期末留抵税额-当期免抵退税额
期末留抵税额是留待下期抵扣应纳增值税税额的。
这说明应纳税额的负数（当期期末留抵税额）不全是因为出口货物的进项（理论应退税额）引起的，而是内销业务进项税额较大，所以内销业务可以抵扣的进项税额都没有从应纳税额中抵扣完，出口货物的进项（理论应退税额）还没有发生抵这个过程，所以在此直接退出口货物的进项（理论应退税额），剩余的就是内销业务没有抵扣完的进项，那么留待下期抵扣。