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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
在计算甲厂转让综合楼的土地增值税时，减去增值税进项税额是因为土地增值税要计算该综合楼购入转让实际负担的相应税费。企业购进时抵减进项税额，少缴纳了相应的附加税；销售时多缴纳增值税及附加税。企业购进和销售实际负担的附加税是销售时的增值税（$3200×9\%$）减去购进时抵扣的增值税二者差额所产生的附加税，所以是按照整体负担计算而减去$220$。虽然土地增值税计算本身不包括增值税，但在计算与转让房地产有关的税金（如城建税、教育费附加）时，是以实际缴纳的增值税为依据，因此需要考虑进项税额的影响。
祝您学习愉快！